Sau khi từ ngôi, ông trở thành Thượng hoàng Go-Fushimi. Năm 1308, ông ủng hộ người em trai mình lên kế vị thay Go-Nijō vừa băng hà, hiệu là Thiên hoàng Hanazono. Thời Hanazono, các cuộc đàm phán giữa shikken Mạc phủ là Hōjō Morotoki (1301-1311) và Hōjō Takatoki (1316-1326) với hai nhà của hoàng tộc về kế vị được chấm dứt bởi Hiệp ước Bunpō (1317). Hiệp ước này quy định, mỗi nhà sẽ cử người lên kế vị trong thời gian mười năm. Thỏa thuận này không kéo dài, nó bị phá vỡ khi Thiên hoàng Go-Daigo lên ngôi.

Năm 1336, Thượng hoàng Go-Fushimi qua đời

Gia đình

Go-Fushimi la con trai duy nhất của Thiên hoàng Fushimi, người duy nhất nối dõi nhà Jimyōin-tō. Ông có 1 hoàng hậu với 5 người con:

• công chúa cả: Junshi (珣子内親王)
• công chúa thứ 2 Kenshi / Kaneko (兼子内親王)
• hoàng tử thứ 3 Kazuhito (Bắc Thiên hoàng Kōgon)
• hoàng tử thứ 5: Thân vương ??? (景仁親王)
• hoàng tử thứ 9 Yutahito (豊仁親王) (Bắc Thiên hoàng Kōmyō)

Kugyō

• Nhiếp chính: Takatsukasa Kanetada, 1298
• Nhiếp chính: Nijō Kanemoto, 1298–1300
• Quan bạch: Nijō Kanemoto, 1300–1305
• Tả đại thần
• Hữu đại thần
• Nội đại thần
• Dainagon

Niên hiệu

• Einin (1293–1299)
• Shōan (1299–1302)